すでに参政権を得た下層市民、無償で土地を得た農民の保守化、さらにはインフレによる生活圧迫、また恐怖政治によって自らの生命をも脅かされていた反ロベスピエール派は、密かにその打倒を計画する。1794年7月27日（フランス革命暦テルミドール9日）午前11時、国民公会に側近のサン＝ジュストを伴って出席したロベスピエールは、議長デルボワや議員タリアン、ビョーヴァレンヌらによって糾弾される。
場内から「暴君を倒せ」と野次が上がる中、タリアンはロベスピエール派の逮捕を要求し、午後3時、ロベスピエール、クートン、サン＝ジュスト、ル・バ、オーギュスタン・ロベスピエール（ロベスピエールの弟）らを逮捕する決議が通過した。翌28日、ロベスピエールら22人はギロチンで処刑された。
ロベスピエール一派の粛清によって革命は転換点を迎えた。過激な革命運動は沈静化し、ブルジョアジー勢力が復権する。1795年10月26日、国民公会が解散されて総裁政府が成立。そして1799年、ブリュメールのクーデターによってナポレオン・ボナパルトが執政政府を樹立し独裁権を掌握した。
革命によって生まれたフランス第一共和政は、ナポレオンによるフランス第一帝政の開始によって10年余りの短命に終わった。さらに、ナポレオンの失脚後には革命によって崩壊したブルボン王朝が復活した（フランス復古王政）。
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革命派には無神論者や「理性主義」者が多く、その信奉する教義・主義に既存の宗教の存在が邪魔なため、キリスト教は徹底的に弾圧された。当時カトリック教会の聖職者は特権階級に属していた。革命勃発以来、聖職者追放と教会への略奪・破壊がなされ、1793年11月には全国レベルでミサの禁止と教会の閉鎖が実施され、祭具類がことごとく没収されて造幣局に集められた。
エベールらは「理性」を神聖視し、これを神として「理性の祭典」を挙行した。ロベスピエールは、キリスト教に代わる崇拝の対象が必要と考え、「最高存在の祭典」を開催した。しかし、ロベスピエールが処刑され、一度きりに終わり定着しなかった。
その後もカトリック教会への迫害はしばらく続いたものの、1801年にナポレオンがローマ教皇とコンコルダートを結んで和解した。
なお、このような経緯を経たが、「革命は宗教を否定するものではない」とする主張もある。